对于企业合并和分立，目前国家税务局没有专门的文件来明确个人所得税的缴纳问题。但在企业重组文件第一条第二款中明确，“在企业重组交易中，股权收购中转让方、合并中被合并企业股东和分立中被分立企业股东，可以是自然人。当事各方中的自然人应按个人所得税的相关规定进行税务处理。”在企业吸收合并过程中，不论被合并方股东取得股权支付，还是非股权支付，都是支付的一种方式。在该过程中就需要视同先清算被合并公司，再进行分配。个人计算清算所得，然后再以清算所得和初始投资成本进行再投资的行为。按照规定进行清算，股东分得的剩余资产扣除投资成本后的余额，按照“利息、股息、红利所得”项目计算征收个人所得税。
举例：A公司和张三共同投资成立了B公司和C公司，股权比例分别为80%，20%的股权，按照出资比例分红。C公司账面净资产3500万，其中实收资本1000万，资本公积500万，盈余公积800万，未分配利润1200万。C公司净资产的公允价值4500万。现由于战略调整，B公司需要吸收合并C公司，且不支付任何现金对价。
本案例中，张三应纳税所得额=[(800+1200+500+1000)+(4500-3500)-1000]*20%=700万元。应纳个人所得税=700*20%=140万元。同时，张三增加对B公司的股权计算基础为700万元，加上初始投资200万元(1000万*20%)，共计900万元，作为下一次股权转让成本扣除基数。这里尤其要注意的是：在吸收合并环节的留存收益已“视同”分配计算缴纳了个人所得税，按照“税不重征”的原则，在合并方实际分配给个人相应金额的利息、股息、红利时，不能再次征收个人所得税。
在吸收合并过程中，因为是股权支付，对自然人来说取得的是非货币性资产，我们也可以看作是个人以非货币性资产向合并企业进行投资，根据《》()文的规定，对于一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内(含)分期缴纳个人所得税。则对于张三来说，可向主管税务机关报备，制定5年分期缴纳计划，享受5年递延纳税优惠。
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