问题：
未取得预售许可证，房开企业与业主方签订了购房协议，并取得部分购房款，在取得预售许可证后，正式签订商品房销售合同，办理网签等手续。房开企业的各税种预缴税款计算时点怎么确定?如果已经交付使用，各税种的收入确认时点怎么确定?
建议：
从各税种的相关政策文件，对预缴税金是否需取得预售许可证未做说明，问题中提到签订了购房协议，并取得部分购房款(实际为预收款)，因此应当按照相应的税收规定预缴税金。
1、增值税
根据规定，第十条 一般纳税人采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。
2、企业所得税
根据规定，第六条 企业通过正式签订《房地产销售合同》或《房地产预售合同》所取得的收入，应确认为销售收入的实现，具体按以下规定确认：
(一)采取一次性全额收款方式销售开发产品的，应于实际收讫价款或取得索取价款凭据(权利)之日，确认收入的实现。
(二)采取分期收款方式销售开发产品的，应按销售合同或协议约定的价款和付款日确认收入的实现。付款方提前付款的，在实际付款日确认收入的实现。
(三)采取银行按揭方式销售开发产品的，应按销售合同或协议约定的价款确定收入额，其首付款应于实际收到日确认收入的实现，余款在银行按揭贷款办理转账之日确认收入的实现。
因此，本问题应当在收到购房款时按预计毛利率申报企业所得税。
3、土地增值税
根据第二条，预征是土地增值税征收管理工作的基础，是实现土地增值税调节功能、保障税收收入均衡入库的重要手段。各级税务机关要全面加强土地增值税的预征工作，把土地增值税预征和房地产项目管理工作结合起来，把土地增值税预征和销售不动产营业税结合起来。
，房地产开发经营中，在清算基准日上季度末前发生的土地增值税应税行为，均应以土地增值税应税收入为计税依据预征土地增值税。
因此，土地增值税应当在季度末按到预收款预缴土地增值税。
来源：重庆市注册税务师协会 发布时间：2024-01-04
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