根据现行规定，应付职工薪酬是指企业根据有关规定应付给职工的各种薪酬。具体包括：职工工资、奖金、津贴和补贴;职工福利费;医疗保险费、养老保险费、失业保险费、工伤保险费和生育保险费等社会保险费;住房公积金;工会经费和职工教育经费;非货币性福利等。因此，医疗费用以及医疗保险支出应当在企业“职工薪酬”中归集。
一、在企业所得税方面，医疗费用以及医疗保险支出，对于企业来说，是属于职工福利费用的使用范畴。但医疗费用以及医疗保险支出的税前扣除应当区分不同情况：
1.参加医疗统筹的税前扣除。实行医疗费用社会统筹是企业医疗费用的改革。《》第三十五条规定：“企业依照国务院有关部门或者省级人民政府规定的范围和标准为职工缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和住房公积金，准予扣除。企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。”该规定的内容就是说，对企业按照国家标准为职工缴纳的“五险一金”，即基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和补充养老保险费、补充医疗保险费以及住房公积金，准予在企业所得税前扣除。并且对企业按规定缴纳的医疗保险、补充医疗保险均不挤占福利费14%的指标，而应当按规定直接税前扣除。对超过规定标准缴纳的社会保险，既不允许直接在税前扣除，也不允许作为福利费14%的基数计算扣除。
2.未实行医疗统筹的税前扣除。《》()规定，企业职工福利费，包括以下内容：…(二)为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利，包括企业向职工发放的因公外地就医费用、未实行医疗统筹企业职工医疗费用、职工供养直系亲属医疗补贴、供暖费补贴、职工防暑降温费、职工困难补贴、救济费、职工食堂经费补贴、职工交通补贴等。据此来看，上述医疗费用，个人负担部分可以作为“职工福利费”处理。根据《》第四十条规定，企业发生的职工福利费支出，不超过工资薪金总额14%的部分，准予扣除。
二、个人所得税方面。根据《》第四条规定：“下列各项个人所得，免纳个人所得税…四、福利费、抚恤金、救济金。”《》第十四条对免税的应付福利费做了界定，即指根据国家有关规定，从企业、事业单位、国家机关、社会团体提留的福利费或工会经费中支付给个人的生活补助费。何谓“生活补助”?《》()的释义为：是指由于某些特定事件或原因而给纳税人本人或其家庭的正常生活造成一定困难，其任职单位按国家规定从提留的福利费或工会经费中向其支付的临时性生活困难补助。职工报销医药费是否属于这种生活补助应当分别情况处理：
1.企业已为职工办理医疗保险，则职工患疾病应当由医疗保险经办机构办理相应额度的报销手续，获得一定数额补偿，此笔款项不应由企业报销，如果职工将医保不予报销票据到企业报销支取，应当作为个人所得计征个人所得税。
2.《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第十四条明确，税法第四条第四项所说的(免征个人所得税的)福利费，是指根据国家有关规定，从企业、事业单位、国家机关、社会团体提留的福利费或者工会经费中支付给个人的生活补助费。另据《国家税务总局关于生活补助费范围确定问题的通知》(国税发[1998]155号)规定，上述所称生活补助费是指由于某些特定事件或原因而给纳税人或其家庭的正常生活造成一定困难其任职单位按国家规定从提留的福利费或者工会经费中向其支付的临时性生活困难补助。因此，企业未为职工办理医疗保险，或者虽然办理了医疗保险，但所患为重大疾病，医保报销比例极低，这类情况企业根据实际情况给予一定数额报销，同时附有相应证明真实性的凭证，则可以作为生活困难补助免予征收个人所得税。
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