实务中，有一种普遍的观点认为：个人独资企业是个人的，个人将股权无偿转给其个人独资企业，无非是左口袋右口袋的区别，况且个人转让时也未取得收益，所以不存在缴纳个人所得税。按照该观点，个人以非货币性资产投资个人独资企业，也是左口袋右口袋，是否缴纳个人所得税呢?缴纳!《》()的规定，个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。个人以非货币性资产投资，应按评估后的公允价值确认非货币性资产转让收入。非货币性资产转让收入减除该资产原值及合理税费后的余额为应纳税所得额。个人以非货币性资产投资，应于非货币性资产转让、取得被投资企业股权时，确认非货币性资产转让收入的实现。因此，个人独资企业虽然也是个人所有，但在税法上他们是两个纳税主体，适用的税收政策也是不一样的。
根据第十二条的规定，纳税人股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的七或以不具合理性的无偿让渡股权或股份的，视为股权转让收入明显偏低。第十三条规定，符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：(一)能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权;(二)继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;(三)相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让;(四)股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。很显然，自然人和他的个人独资企业的关系，不符合任何一条。所以需要按照两个独立纳税主体之间的交易来看待。需要由税务机关核定收入，来确定股权转让所得，缴纳个人所得税。但对纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内(含)分期缴纳个人所得税。
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