为便于加强对资源税的征管和保证税款及时、安全入库，堵塞漏洞，原《 》和 中规定以收购未税矿产品的单位作为资源税的扣缴义务人。扣缴义务入主要是对那些税源小、零散、不定期开采，税务机关难以控制，容易发生漏税的单位和个人，在收购其未税矿产品时代扣代缴其应纳的税款。代扣代缴义务人包括独立矿山、联合企业及其他收购未税矿产品的单位是资源税。代扣代缴的资源范围为收购的除原油、天然气、煤炭以外的资源税未税矿产品。在实际操作中，纳税人销售其矿产品时，应向当地主管税务机关申请开具“资源税管理证明”作为免予扣缴资源税款的依据。未提供“资源税管理证明”，支付单位赋有法定扣缴义务。
自2020年9月1日起施行《新资源税法》，《》中删除除掉了《条例》中的“收购未税矿产品的单位为资源税的扣缴义务人”。根据《》()废止了《》(文件印发，修改)，该文件的解读阐述：取消“资源税管理证明”后，实行纳税人自主申报，不再采用代扣代缴的征管方式。因此，自2020年9月1日起，资源税取消代扣代缴的征管方式，实行纳税人自主申报，不再有扣缴义务人。