工程项目的建设周期有时比较长，大的项目一般要数年时间，工程合同签署后，工程款项按进度分期结算。但有时在整个项目建设过程中，各方面的情况可能会发生很大的变化，会出现许多不可预见因素，导致最终结算款项与合同签署的数目不同。印花税法实施后，相关情况如何处理?
案例
我公司签订建筑工程合同，合同中已列明工程总价款。
如果我公司根据工程施工进度，按进度款分期申报缴纳印花税是否有问题?
分析
一、可否分期缴纳印花税
《》第十五条规定，印花税的纳税义务发生时间为纳税人书立应税凭证或者完成证券交易的当日。
证券交易印花税扣缴义务发生时间为证券交易完成的当日。
《》()第一条(二)项规定，应税合同、产权转移书据未列明金额，在后续实际结算时确定金额的，纳税人应当于书立应税合同、产权转移书据的首个纳税申报期申报应税合同、产权转移书据书立情况，在实际结算后下一个纳税申报期，以实际结算金额计算申报缴纳印花税。
根据上述规定，贵公司签订建筑工程合同且合同中已注明金额，应在合同书立时缴纳印花税，分期缴纳印花税不符合规定。
二、工程款项结算与合同发生变化
《》()第三条第二款规定，应税合同、应税产权转移书据所列的金额与实际结算金额不一致，不变更应税凭证所列金额的，以所列金额为计税依据;变更应税凭证所列金额的，以变更后的所列金额为计税依据。已缴纳印花税的应税凭证，变更后所列金额增加的，纳税人应当就增加部分的金额补缴印花税;变更后所列金额减少的，纳税人可以就减少部分的金额向税务机关申请退还或者抵缴印花税。
根据上述规定，如果合同所列的金额与实际结算金额不一致，不变更应税凭证所列金额的，以所列金额为计税依据;变更应税凭证所列金额的，以变更后的所列金额为计税依据。
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