在增值税税制下，建筑行业只有在预交增值税和简易计税的情况下才会涉及差额征税。差额征税与差额预交不是一码事：差额征税是解决重复纳税;差额预交是解决“分灶吃饭”的财政体制下，平衡地方财政收入，不论一般计税还是简易计税都存在就地预交增值税(同一地级市除外)。共同之处：差额征税和差额预交都凭发票作为差额计税的唯一合法凭据。
一、总包扣除分包差额就地预交增值税。施工企业跨地区提供建筑服务，除同一地级市外，需要就地预缴增值税，以总包扣除分包后差额作为预缴税款的基础：1.一般计税方法：应预缴税款=(全部价款和价外费用-支付的分包款)/1.09×2%;2.简易计税方法：应预缴税款=(全部价款和价外费用-支付的分包款)/1.03×3%。
注意：小规模纳税人10万以下不就地预交增值税;超过10万按照1%就地预交增值税。
另外，预收工程款也一样要按照上面规定差额就地预交增值税，区别在于：预收工程款开具的是不征税发票。
二、总包扣除分包差额缴纳增值税。通常而言，老项目(即2016年4月30日之前的建筑项目)、清包工和甲供工程、建筑劳务等可以选择简易计税办法(其中，特殊甲供应当适用简易计税办法)。建筑服务只有简易计税，才存在差额缴纳增值税：1.一般纳税人选用或者适用简易计税办法计税。应纳税额=(全部价款和价外费用-支付的分包款)/1.03×3%;2.小规模纳税人提供建筑服务。应纳税额=(全部价款和价外费用-支付的分包款)/1.03×3%
建筑行业选择简易计税的同时，又符合差额征税的，建筑方需采用全额开票差额征税的方式，向业主提供全额发票，并且可以全额开具专票。